358/2 Days é centrado na história de Roxas, enquanto pertencia à Organization XIII, e decorre durante o ano em que Sora esteve a dormir, entre os jogos Kingdom Hearts: Chain of Memories e Kingdom Hearts II. O prólogo do jogo começa com a criação de Roxas, mas a parte jogável começa quando este entra na Organization. Vídeos sobre o jogo mostram alguns eventos em Twilight Town, assim como Wonderland, que também pode ser vista em imagens.
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